朱棣即位后，重建奉天殿(旧殿被朱允炆所焚)，刻玉玺，封王妃徐氏为皇后，对靖难功臣进行了封赏，凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务(如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同);建文年间的各项改革一律取消;建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除，但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重。
永乐初，朱棣为了安抚诸位藩王，稳定国内局势，同时表示自己和建文帝的不同，曾先后复周、齐、代、岷诸亲王旧封;建文帝的弟弟吴王朱允熥、衡王朱允熞、徐王朱允熙尚未就藩，明成祖皆降为郡王，同年又将已就藩的朱允熥、朱允熞召到燕京，以不能匡正建文帝为由废为庶人，软禁于凤阳，仅留朱允熙奉祀懿文太子，而朱允熙不久也于永乐四年死于火灾，但当其皇位较巩固时，又继续实行削藩，周、齐、代、岷诸王再次遭到削夺;迁宁王于南昌;徙谷王于长沙，旋废为庶人;削辽王护卫。
朱棣继续实行朱元璋的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制，朱棣时期，完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形，永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。
朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，鼓励官吏互相讦告，他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，同时，提出“为治之道在宽猛适中”的原则，他利用科举制及编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家思想以改变明初过事佛、道教之风，选择官吏力求因才而用，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。
在全国局势稳定之后，朱棣为了加强对大臣的监控，恢复洪武时废罢的锦衣卫，同时，明成祖又设置镇守内臣和东厂衙门，厂卫合势，发展和强化了专制统治。朱棣十分重视经营北方，加之自己兴起于北平地区，永乐七年(1409年)，明成祖开始了营建北京天寿山长陵，以示立足北方的决心，与此同时，争取与蒙古族建立友好关系，鞑靼、瓦剌各部先后接受明政府封号。